همزمان با تحولات معماري در گستره تمدن ايران و وارد شدن عناصر فضايي ايراني ، در طرح فضايي و نقشه مسجد جامع ميبد نيز، تغيير ايجاد شد . به اين صورت كه بنا از طرح شبستاني به مسجدي گنبدي و ايوان دار تبديل شده و به سوي غرب گسترش پيدا كرد و مناره اي قطور و بلند در انتهاي ضلع شمالي به مجموعة فضايي افزوده گرديد . ( در حدود سده ششم هجري) اما گسترش تاريخي بناي مسجد جامع پس از سدة هفتم اتفاق افتاده است . گنبد خانة خشتي و شبستان اطراف آن كه به نام امام حسن (ع) شهرت دارد ،در شمال غرب به مسجد افزوده و فضاي پشت مناره نيز جزء بخش سر پوشيده مسجد شد. مسجدي ايوان دار در سمت غربي مسجد قديم الحاق گرديد كه آخرين حد گسترش فضايي بوده كه تا چند سال پيش نيز آثار آن در زمين مسطح و خالي فعلي وجود داشت. جهت قبله در فضاهاي مربوط به دورة گسترش، نسبت به مسجد قديمي انحراف دارد . در حدود سدة نهم هجري تعميرات و تغييراتي در بخشهاي مختلف پس از آسيب هاي وارده به بنا صورت گرفته و محراب فعلي جايگزين محراب قديمي شد؛ تاريخ 867 نيز مربوط به همين زمان است . تغيير در طرح صحن مسجد و ساخت شبستان شمالي در جاي فضاهاي قديمي و بخشي از مناره ، بعدها در بنا بوجود آمد.

آخرين تغييرات و تحولات اساسي مسجد مربوط به دورة قاجار مي شود كه شامل ساخت مسجد حاجي حسنعلي در شمال شرقي مجموعه و شبستان زمستاني حاجي رجبعلي در بخش غربي صحن، با جهت قبله اي متفاوت از فعاليتهاي دو برادر خيّر ميبدي است كه جايگزين ساختارهاي قديمي گرديدند